自然界に真理や法則というものが存在すると仮定して、客観的で、誰によっても再現可能な手法を用いて確かめられた事象やその手続きを“科学（science）”といいます。

日本自然保護協会（NACS-J）には全国各地の会員や自然観察指導員から、地域を見続けた人の現場から自然の危機に関する声が寄せられます。その声を大事にしつつ、NACS-Jは、常に自然環境を科学に基づいて捉え、行政や開発事業者、地域の人々に対して自然保護の解決策を提案してきました。

科学を基盤にするためには、観察が大切ですが、それは、調査・研究のプロセスをとります。例えば、NACS-Jが取り組んでいる赤谷プロジェクトでは、赤谷の森に生息する動物をモニタリングし、生態系への影響が懸念される二ホンジカの増加に対しても基礎的な生息状況の情報や効果的な管理手法の検討を専門家の助言や検証を受けながら実施しています。

また、研究者による高度な専門性を有する調査研究だけではなく、個人差の出にくい調査手法を用いることで、だれでも実施でき、それによって多くの人々と協力し多くのデータを得られるような“市民調査”も実施してきました。NACS-Jが環境省から請け負っているモニタリングサイト1000里地調査の業務もそのひとつです。全国200か所を超す里地里山調査サイトでは、地域の方々によって調査がされています。全国的かつ長期的にモニタリングすることで、どこにでも見られる普通種が「全国的に」減少傾向であることを明らかにするなど、生物多様性保全に重要な生物の生息情報といった基礎的な知見を蓄積しています。

さらに、一人ひとりが近所の自然をしらべる日本の自然の「定期健康診断」としてNACS-Jが1995年からとりまとめてきた「自然しらべ」もその一つです。