問題点1．『辺野古沖縮小案』では良好な海草藻場が埋め立てられ、サンゴ礁生態系に重大な影響を与える。

当協会のジャングサウォッチの辺野古海域の海草藻場調査地点（合計約70地点）を『辺野古沖縮小案』予定地に重ねると、15地点が何らかの影響を受けることが推測され、計3回の調査の中で毎回海草被度が0％、あるいは付近にも海草藻場の分布が確認できなかった地点は、このうちわずかに1地点しかない。

また調査海域において記録される7種の海草のうち5種（ウミヒルモ、リュウキュウスガモ、リュウキュウアマモ、ウミジグサ、マツバウミジグサ）が記録された地点も含まれ、予定地には良好な海草が分布しているといえる。また、移設先を浅瀬に移動すればサンゴ礁への影響が少なくなるという論理は誤りである。

サンゴ礁生態系は、礁斜面、礁嶺、礁池内のサンゴ礁群集・海草藻場、干潟等の構成要素が一体となって形成されており、海草藻場は稚魚の成長の場等としてサンゴ礁生態系の維持に寄与している。浅瀬の海草藻場を埋め立てれば、ジュゴンやウミガメの餌場が失われるばかりでなく、サンゴ礁生態系全体に重大な影響を与える。

問題点2．『辺野古沖縮小案』予定地はジュゴンが利用しているエリアに重なり、ジュゴンの生息に重大な影響を与える。

ジュゴンの痕跡に関するこれまでの那覇防衛施設局、環境省、当協会の調査結果から、辺野古漁港航路付近はジュゴンの利用頻度が高いと推測される。前述の調査結果と『辺野古沖縮小案』予定地を重ねるとジュゴンの痕跡3地点（食跡1地点と糞2地点）が重なり、また、ほか6地点の食跡も予定地の近くで観察されている。

さらに、ジュゴンはサンゴ礁礁池に出入りする際に”クチ”を利用しているが、『辺野古沖縮小案』では、その”クチ”が4ヶ所塞がれてしまうことが予想される。その中には、辺野古漁港航路につながるマナヌグチも含まれ、この案では、ジュゴンが餌場である辺野古サンゴ礁礁池にアプローチする際に悪影響を及ぼす可能性が高い。